Verder waren Nederlandse regeringen zeer selectief in het aankaarten van bepaalde mensenrechtenschendingen in Indonesië. Een illustratie is de kwestie van de politieke gevangenen in de jaren zeventig. Terwijl de Nederlandse politiek zich terecht druk maakte over de tienduizenden die zonder vorm van proces vastzaten, werd over de annexatie van Oost-Timor geen ophef gemaakt.
Ook bleek Nederland zeer selectief in de beoordeling van verschillende mensenrechtenschendende landen. Hoewel in dit stuk geen vergelijkende analyse heeft plaatsgevonden omtrent het Nederlandse mensenrechtenbeleid ten aanzien van verschillende landen, drijft toch de herinnering aan de behandeling van Suriname boven, toen na de decembermoorden van 1982 de Nederlandse geldkraan direct werd dichtgedraaid. Een dergelijke eensgezinde daadkracht heeft de Nederlandse regering nimmer aan de dag gelegd ten aanzien van executies in Indonesië.
Het Nederlandse mensenrechtenbeleid ten aanzien van Indonesië doet de veronderstelde goede reputatie van Nederland vergeten. Nederland hanteert op dit terrein onmiskenbaar een 'dubbele standaard': de regeringen beoordeelden zowel mensenrechtenschendingen in Indonesië als mensenrechtenschendende landen niet aan de hand van objectieve gelijke maten. Teneinde de hiaten in het Nederlandse mensenrechtenbeleid ten aanzien van Indonesië duidelijker zichtbaar te krijgen dan nu het geval is, zouden alle betrekkingen, officieel en officieus, tussen Indonesië en Nederland in kaart gebracht moeten worden. De toenmalige voorzitter van de Adviescommissie Mensenrechten en Buitenlands Beleid Prof P.R. Baehr heeft halverwege de jaren tachtig Minister Van den Broek voorgesteld de Adviescommissie een dergelijk onderzoek uit te laten voeren. De minister bleek echter in het geheel niet geïnteresseerd in een dergelijke studie. Gezien het duidelijk ontbreken van enige politieke wil de mensenrechten tot wezenlijk bestanddeel te maken van het buitenlands beleid ten aanzien van Indonesië, zal een rapport van de Adviescommissie wel lang op zich laten wachten. De wetenschap heeft hier een rol.